Η Ομάδα Ειδικών Επεμβάσεων της ΜΥΑ/ΛΣ συμμετέχει στην Διακλαδική Διοίκηση Ειδικού Πολέμου που υπάγεται στον Α/ΓΕΕΘΑ και είναι επιφορτισμένη με την διενέργεια διακλαδικών ειδικών επιχειρήσεων σε περίοδο πολέμου[