Με την αλλαγή του δόγματος για τον ενιαίο αμυντικό χώρο Ελλάδας και Κύπρου το 1997, το Πολεμικό Ναυτικό αποσκοπεί στην ανάπτυξη της ναυτικής ισχύος στην εξαιρετικά σημαντική αυτή περιοχή της ΝΑ Μεσογείου, στην εξασφάλιση της εδαφικής ακεραιότητας στην Ελλάδα και την Κύπρο, στο να διαφυλάσσει τα κυριαρχικά μας δικαιώματα στην υφαλοκρηπίδα…
…Να διατηρεί ανοιχτές τις θαλάσσιες γραμμές επικοινωνιών και να συντελεί στην τήρηση υψηλού ηθικού στο νησιωτικό πληθυσμό και στα στρατεύματα των νησιών.
Παράλληλα, εκτελεί μεταφορές προς όφελος των άλλων κλάδων των Ενόπλων Δυνάμεων και συμβάλλει, με αερομεταφορές κυρίως, στην εξυπηρέτηση άμεσων αναγκών υγείας του πληθυσμού των νησιών.
Τέλος, η ναυτική παρουσία στα ελληνικά νησιά και ιδιαίτερα στα νησιά του ανατολικού Αιγαίου και στην ευρύτερη περιοχή της Κέρκυρας είναι συνεχής, με περιπολίες πολεμικών πλοίων αφενός, για την αντιμετώπιση ενεργειών που στρέφονται κατά των κυριαρχικών μας δικαιωμάτων, και αφετέρου στην ενίσχυση του Λιμενικού Σώματος στην απαγόρευση εισόδου λαθρομεταναστών στη χώρα και στην αντιμετώπιση των προβλημάτων διακίνησης ναρκωτικών, λαθρεμπορίας όπλων κλπ.
