Η ΜΥΑ στα πλαίσια της αναβάθμισης της προ των Ο.Α. 2004 διαχωρίστηκε σε εξειδικευμένες επιχειρησιακές Ομάδες. Συγκεκριμένα, σύμφωνα με τον κανονισμό 15/04, απαρτίζεται από τις ακόλουθες εξής Ομάδες:
– Ομάδα Ειδικών Επεμβάσεων (ΟΕΕ)
Αποτελεί το βασικό επιχειρησιακό πυρήνα της Μονάδας. Αναλαμβάνει την εκτέλεση ειδικών επιχειρήσεων υψηλών κινδύνου σε όλους τους χώρους αρμοδιότητας ΛΣ, τόσο σε χερσαίο όσο και (κυρίως) σε θαλάσσιο περιβάλλον, είτε αυτόνομα είτε σε συνεργασία με άλλες υπηρεσίες των Σωμάτων Ασφαλείας.
Στα καθήκοντά της εντάσσεται η αντιμετώπιση περιστατικών τρομοκρατίας, πειρατείας και οργανωμένου εγκλήματος, ενώ το προσωπικό της δύναται να αναπτυχθεί στον χώρο της επιχείρησης από ξηράς, αέρος ή θαλάσσης (συμπεριλαμβανομένης και της υποβρύχιας διείσδυσης).
Οι δε ελεύθεροι σκοπευτές της ΟΕΕ συγκροτούν ανεξάρτητη υποομάδα εντός αυτής.
-Ομάδα Εξειδικευμένων Καταδύσεων (ΟΕΚ)
Δημιουργήθηκε λόγω της ανάγκης ύπαρξης ειδικά εκπαιδευμένου προσωπικού για την διεξαγωγή καταδύσεων σε μεγάλα βάθη ή/και σε επικίνδυνο περιβάλλον, όπως είναι αυτό ενός ναυαγίου για παράδειγμα, για την διεξαγωγή διάσωσης, ερευνών ή άλλων τεχνικών εργασιών.
Η ανάγκη αυτή καταδείχθηκε σε μεγάλο βαθμό από πολύνεκρα ναυτικά δυστυχήματα των τελευταίων ετών, όπως με το φορτηγό πλοίο Δύστος ή το επιβατηγό Express Samina. Για την κάλυψη των ιδιαίτερων αυτών επιχειρησιακών απαιτήσεων το προσωπικό της Ομάδας έχει στη διάθεση του, μεταξύ άλλων αναπνευστικές συσκευές μικτών αερίων αλλά και ειδικές πλήρως στεγανές στολές της Viking που χρησιμοποιούνται για καταδύσεις σε ψυχρά ή μολυσμένα ύδατα.
-Ομάδα Εξουδετέρωσης Εκρηκτικών Μηχανισμών (ΟΕΕΜ)
Αποτελείται από εκπαιδευμένους πυροτεχνουργούς οι οποίοι, με τον κατάλληλο υλικοτεχνικό εξοπλισμό, αναλαμβάνουν αποστολές εντοπισμού, επισήμανσης, αναγνώρισης, εξουδετέρωσης και απομάκρυνσης πάσης φύσεως εκρηκτικών μηχανισμών (τυποποιημένων ή μη) και πυρομαχικών, είτε στη ξηρά είτε στη θάλασσα ή υποθαλάσσια (στον βυθό ή σε ύφαλα πλοίων).
-Ομάδα Υποστήριξης Επιχειρήσεων (ΟΥΕ)
Η Ομάδα αυτή απαρτίζεται από προσωπικό που εκτελεί καθήκοντα υποστήριξης στις επιχειρήσεις των προαναφερθέντων Ομάδων, όπως η παροχή ασφαλείας στην περιοχή εκτέλεσης κάποιας επέμβασης. Επίσης παρέχει δύτες ασφαλείας και χειριστές πλωτών μέσων.
Σε σημαντικό βαθμό αποτελείται από έμπειρο προσωπικό μεγαλύτερης ηλικίας που προηγουμένως άνηκε σε κάποια από τις υπόλοιπες επιχειρησιακές Ομάδες.
Τέλος, αξίζει να σημειωθεί πως υπό την επίβλεψη της ΜΥΑ λειτουργεί και το Σχολείο Ειδικών Αποστολών του Λιμενικού, στο οποίο εκπαιδεύονται και τα μέλη των ΚΕΑ. Επίσης η Μονάδα στέλνει εκπαιδευτές και στο ΚΕΝΑΠ στη Κρήτη.
Τα στελέχη της Ο.Ε.Α.1 στην πρόσφατη επιτυχημένη επιχείρηση εξάρθρωσης του κυκλώματος διακίνησης ναρκωτικών.
Τα ΚΕΑ από τη πλευρά τους δεν έχουν ενιαία οργανωτική δομή, αλλά αυτή διαφοροποιείται αναλόγως της περιοχής όπου εδρεύει το κάθε Κλιμάκιο και, κατ’ επέκταση, της απειλής που καλείται να αντιμετωπίσει. Ενδεικτικά ωστόσο, το ΚΕΑ Πειραιά απαρτίζεται από τις εξής Ομάδες:
–Ομάδα Ειδικών Αποστολών 1 (ΟΕΑ 1)
Αναλαμβάνει την αντιμετώπιση και καταστολή σοβαρών παράνομων ενεργειών πάσης φύσεως, σε ξηρά και θάλασσα, συμπεριλαμβανομένων επεμβάσεων σε περιστατικά τρομοκρατίας ή οργανωμένου εγκλήματος. Επίσης διεξάγει ελέγχους υψηλού κινδύνου και γενικά αποτελεί την κύρια δύναμη επεμβάσεων του Κλιμακίου.
-ΟΕΑ 2
Αποτελείται από ειδικά εκπαιδευμένους ελεύθερους σκοπευτές οι οποία αναλαμβάνουν αντίστοιχες αποστολές είτε προς υποστήριξη των επιχειρήσεων της ΟΕΑ 1, είτε ανεξάρτητα.
–ΟΕΑ 3
Αναλαμβάνει αποστολές προστασίας υψηλών προσώπων, φύλαξης κρίσιμων εγκαταστάσεων και υποδομών και συνοδεία χρηματαποστολών, εντός των χώρων ευθύνης του Λιμενικού Σώματος.
-ΟΕΑ 4
Αποτελείται από πυροτεχνουργούς και συνοδούς ειδικά εκπαιδευμένων σκύλων-ανιχνευτών (Κ9). Αποστολή της είναι ο εντοπισμός και η εξουδετέρωση εκρηκτικών μηχανισμών (τυποποιημένων ή μη) και πάσης φύσεως πυρομαχικών στους χώρους ευθύνης του Λιμενικού Σώματος (κυρίως τους χερσαίους), συμπεριλαμβανομένων και περιπτώσεων ΠΒΧ απειλής. Ανάμεσα στον ειδικό εξοπλισμό που διαθέτει η Ομάδα, συμπεριλαμβάνονται και τηλεχειριζόμενα οχηματίδια της εταιρείας Soukos Robots.
Παρόμοια σύνθεση έχει και το ΚΕΑ Θεσσαλονίκης, ενώ αξίζει να σημειωθεί πως σε ολόκληρη την χώρα υφίστανται συνολικώς 20 ΚΕΑ.
Εν ολίγοις θα μπορούσαμε να πούμε πως αυτά αποτελούν τις Μονάδες «πρώτης ανταπόκρισης» δεδομένης και της συγκεκριμένης -γεωγραφικά- ζώνης ευθύνης τους, ενώ η ΜΥΑ αποτελεί την «στρατηγική εφεδρεία» του Λιμενικού για επέμβαση σε περιστατικά βαριάς μορφής, προσθέτοντας και κάποιες εξειδικευμένες δυνατότητες (π.χ. στον τομέα των καταδύσεων).