Μετά από μία εβδομάδα, το υπουργείο Παιδείας αντέδρασε στις καταγγελίες εργαζομένων του Εθνικού Οργανισμού Πιστοποίησης Προσόντων και Επαγγελματικού Προσανατολισμού (ΕΟΠΠΕΠ), σύμφωνα με τις οποίες η διευθύνουσα σύμβουλος του οργανισμού, Ελένη Γιαννακοπούλου, φέρεται να αντιδρά στην ύπαρξη θρησκευτικών συμβόλων στα γραφεία των υπαλλήλων.
Με ανακοίνωση του, το υπουργείο υποστηρίζει ότι η υπόθεση είχε αρχίσει να εξετάζεται από τη στιγμή που ο γενικός γραμματέας του υπουργείου έλαβε τη σχετική καταγγελία της εργαζόμενης στον Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ., η οποία κατήγγειλε τη συμπεριφορά της διευθύνουσας συμβούλου, η οποία, σύμφωνα με τους ισχυρισμούς της, πέταξε στα σκουπίδια εικόνα της Παναγίας.
Αναλυτικά η ανακοίνωση του υπουργείου:
«Δημοσιοποιήθηκε πρόσφατα επιστολή εργαζομένης στον Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ., εποπτευόμενο φορέα του ΥΠΠΕΘ, που περιέχει καταγγελίες περί μη σεβασμού θρησκευτικών συμβόλων. Για το ΥΠΠΕΘ δεν τίθεται θέμα απάντησης στο ερώτημα αν εργαζόμενοι “απαγορεύεται να φέρουν θρησκευτικά σύμβολα”.
Το ερώτημα είναι περιττό δεδομένων των διατάξεων της πολιτείας περί θρησκευτικής ελευθερίας αλλά και του σεβασμού των θρησκευτικών πεποιθήσεων που το ΥΠΠΕΘ έμπρακτα και σταθερά υπηρετεί.
Αμέσως μόλις έλαβε (18/8/2017), μέσω ηλεκτρονικού ταχυδρομείου, την επιστολή εργαζόμενης στον Ε.O.Π.Π.ΕΠ. περί μη σεβασμού των θρησκευτικών συμβόλων, το γραφείο του Γενικού Γραμματέα του ΥΠΠΕΘ ζήτησε από τη Διευθύνουσα Σύμβουλο του να παράσχει εξηγήσεις επί του ζητήματος. 
Η Διευθύνουσα απάντησε με αναλυτική επιστολή της στις 20/8/2017. Εντός τεσσάρων ημερών, ο Αν. Γενικός Γραμματέας έδωσε εντολή διενέργειας των υπηρεσιακώς προβλεπόμενων θεσμικών διαδικασιών ελέγχου. Επισημαίνουμε ότι η όλη διαδικασία ξεκίνησε πριν υπάρξει ηόποια δημοσιότητα περί του θέματος.
Από πλευράς του ΥΠΠΕΘ, υπήρξε άμεσα κινητοποίηση ώστε να διευκρινιστούν τα τεκταινόμενα στον Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ. Η εν λόγω επιστολή συμπίπτει με συγκυρία σημαντικών διοικητικών αλλαγών στον Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ., εξορθολογισμού της λειτουργίας
του και αναζήτησης απαντήσεων αναφορικά με το σύννομο του ύψους των οικονομικών απολαβών ορισμένων υπαλλήλων του.
Ο έλεγχος που ζητήθηκε εστιάζει:
(α) Στα αναφερόμενα στην από 18/8/2017 επιστολή της εργαζόμενης καθώς και στις από 20/8/ 2017 έγγραφες εξηγήσεις της Διευθύνουσας του Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ.
(β) Στο αν πληρούνται οι νόμιμες προϋποθέσεις και υποχρεώσεις των μελών του Δ.Σ. του Ε.O.Π.Π.ΕΠ. για την συμμετοχή τους στο Δ.Σ.
(γ) Στον τρόπο καθορισμού των αμοιβών των μισθοδοτούμενων από τον Ε.O.Π.Π.ΕΠ. από την πρόσληψή τους μέχρι σήμερα.
(δ) Στην πιθανότητα ύπαρξης ζητήματος αντιποίησης αρχής στις επιστολές που ανταλλάχθηκαν. Βάσει της ολοκλήρωσης της διαδικασίας ελέγχου, το ΥΠΠΕΘ θα προχωρήσει άμεσα σε όλες τις προβλεπόμενες εκ του νόμου ενέργειες.
Τα πορίσματα της διαδικασίας ελέγχου θα βρίσκονται στη διάθεση του εισαγγελέα. Το ΥΠΠΕΘ ενήργησε ταχύτατα, με σεβασμό στις θεσμικές διαδικασίες και στα πρόσωπα, προς όφελος του δημοσίου συμφέροντος, του σεβασμού των θρησκευτικών συμβόλων και του κύρους του Ε.Ο.Π.Π.ΕΠ
