Ολοκληρώθηκε η εξόδιος ακολουθία του εκδημήσαντα Αρχιεπισκόπου Χρυσοστόμου Β’ στον καθεδρικό ναό του Αποστόλου Βαρβνάνα, της οποίας προέστη ο Οικουμενικός Πατριάρχης Βαρθολομαίος.
Ανήμερα της ενθρόνισής του το 2006, ο Αρχιεπίσκοπος Χρυσόστομος Β, ετάφη – 16 χρόνια μετά – στην κρύπτη που ο ίδιος επέλεξε όντας εν ζωή, με την Ιερά Σύνοδο σύσσωμη, τα τρία του αδέρφια, Δημήτρη, Αντώνη και Μαρούλα κι άλλους συγγενείς και ιερωμένους να τον συνοδεύουν για τον ύστατο αποχαιρετισμό. 
Η καμπάνα του Καθεδρικού Ναού Αποστόλου Βαρνάβα χτύπησε πένθιμα όταν στρατονόμοι σήκωσαν το φέρετρο προς την έξοδο από τον ναό. Η φιλαρμονική ορχήστρα της Αστυνομίας παιάνιζε τον εθνικό ύμνο και αγήματα των σωμάτων της Εθνικής Φρουράς παρατάχθηκαν έξω από τον Ναό, όταν το φέρετρο με τον Αρχιεπίσκοπο εξήλθε της εκκλησίας. Η πομπή ακολούθησε ημιπεριμετρική διαδρομή και από τον υπόγειο χώρο στάθμευσης μπήκε στον ειδικό χώρο όπου έγινε η ταφή.
Την ώρα της ταφής, άγημα του στρατού έριξε τιμητικά τρεις βολές στον αέρα έξω από την κύρια είσοδο της Αρχιεπισκοπής. Στην ταφή παρούσα ήταν και η Πρόεδρος της Βουλής, Αννίτα Δημητρίου.
Η μίτρα και ο σταυρός (αντίγραφα) του Αρχιεπισκόπου τοποθετήθηκαν μαζί με το φέρετρο και το σκήνωμα, στο ειδικό μνήμα, το οποίο θα σκεπάσει μια μεγάλη πλάκα από μάρμαρο.
