Είναι το Μακρύ χέρι του Λιμενικού Σώματος στο Αιγαίο και υπάγεται αποκλειστικά στον Αρχηγό του Λ/Σ και στον Πρωθυπουργό
Η ΜΥΑ/ΛΣ ιδρύθηκε το 1972 με αρχική ονομασία Μονάδα Πολλαπλής Χρησιμότητας και αποτελείτο από Αυτοδύτες. Οι αποστολές της Μονάδας ήταν περιορισμένες στην έρευνα και διάσωση και στις υποβρύχιες έρευνες με σκοπό την ανάσυρση πειστηρίων ή αγνοουμένων με ανοιχτά κυκλώματα.
Το 1980 η Μονάδα εγκαταστάθηκε στην περιοχή του Αγίου Κοσμά Αττικής. Εξαιτίας των περιστατικών στο “Achille Lauro” και “City of Poros”, κατά τα οποία αναδείχθηκε η ανάγκη διαμόρφωσης μίας μονάδας με δυνατότητα πραγματοποίησης ειδικών επιχειρήσεων σε θαλάσσιο περιβάλλον, το πρόγραμμα εκπαίδευσης και ο προγραμματισμός της Μονάδας αναθεωρήθηκαν.
Έκτοτε στελέχη της Μονάδας εκπαιδεύονται στο σχολείο Υποβρύχιων Καταστροφέων της ΣΥΚ/ΠΝ.
Το 1995 η Μονάδα μετονομάζεται σε MYA/ΛΣ και στελεχώνεται αποκλειστικά από Υποβρύχιους Καταστροφείς. Επίσης τίθενται οι νομικές βάσεις μέσω των οποίων αποκτάται επιχειρησιακή και λειτουργική αυτοτέλεια[3].
Το Πάσχα του 1996 βατραχάνθρωποι της ΜΥΑ/ΛΣ κατόπιν αιτήματος του ΓΕΕΘΑ ανέβηκαν στα Ίμια με σκοπό την αποκλιμάκωση θερμού επεισοδίου ενώ τουρκικά F-16 εκτελούσαν υπερπτήσεις εμποδίζοντας την διαδικασία.
Σταθμός για την ΜΥΑ/ΛΣ αποτέλεσε η περίοδος μετά τον θάνατο του Λ/Φ Ζαπάτη Μαρίνου τον Απρίλιο του 1997 από πυρά Αλβανών εμπόρων ναρκωτικών στην θαλάσσια περιοχή μεταξύ Κέρκυρας και Αλβανίας.
Η Μονάδα ανέλαβε επιχειρησιακή δράση για τον εντοπισμό και την εξολόθρευση των παράνομων κυκλωμάτων, απέκτησε τεράστια εμπειρία αληθινών περιστατικών σε καθημερινή βάση και έθεσε τα θεμέλια για την αναβάθμιση της.
Διάρθρωση
Η ΜΥΑ/ΛΣ αποτελείται απο τέσσερις επιχειρησιακές Ομάδες, την Ομάδα Ειδικών Επεμβάσεων (ΟΕΕ), την Ομάδα Ειδικών Καταδύσεων (ΟΕΚ), την Ομάδα Εξουδετέρωσης Εκρηκτικών Μηχανισμών και την Ομάδα Δυτών Ασφαλείας.
Η ΜΥΑ/ΛΣ έχει διαχειριστεί πλήθος επιχειρήσεων από την ίδρυση της στους δύο τομείς αρμοδιότητας της, την διενέργεια επιχειρήσεων υψηλού κινδύνου και την διαχείριση ναυαγίων.
Σε ετήσια βάση φέρνει εις πέρας πάνω από 200 αποστολές. Βάσει νόμου πραγματοποιεί μηνιαίως προληπτικά ρεσάλτα σε πλοία που απασχολούν τις διεθνείς και τοπικές αρχές και διενεργεί ελέγχους υφάλων και κρηπιδωμάτων για την αντιμετώπιση εκρηκτικών μηχανισμών