Η πτήση ΕΚ 209, με 228 επιβάτες -ανάμεσά τους ένα βρέφος- και 18μελές πλήρωμα, από την ώρα που μπήκε στον εθνικό εναέριο χώρο, συνοδευόταν από δύο F16 της Πολεμικής μας Αεροπορίας, που απογειώθηκαν στις 21:09 από τη βάση της Σούδας.
Το αεροπλάνο της Emirates ήταν 120 μίλια νοτιοδυτικά της Καλαμάτας, όταν δόθηκε εντολή απογείωσης στα μαχητικά να απογειωθούν. Την εντολή έδωσε το ΝΑΤΟ.
Μετά από πληροφορίες της CIA, ότι σε πτήση της εταιρείας από την Αθήνα επέβαινε ύποπτος Άραβας επιβάτης, η μία καθηλώθηκε στο αεροδρόμιο πριν απογειωθεί και η δεύτερη επιστρέφει προκειμένου να προσγειωθεί στην Αθήνα.
Η πρώτη πτήση, η ΕΚ210 με προορισμό το Ντουμπάι, δεν πρόλαβε να απογειωθεί και ενώ το Boeing 777 βρισκόταν σε διαδικασία τροχοδρόμησης πήρε εντολή να επιστρέψει.
Η δεύτερη, η ΕΚ 209 με προορισμό τη Νέα Υόρκη, είχε ήδη απογειωθεί και βρισκόταν πάνω από την Ιταλία, όταν ο πιλότος ειδοποιήθηκε να προσγειωθεί άμεσα.
Ωστόσο, ούτε η Γαλλία, ούτε η Ιταλία δέχτηκαν να προσγειωθεί το αεροσκάφος σε κάποιο από τα αεροδρόμιά τους και έτσι αυτό επιστρέφει στην Αθήνα.
